З факультетом гуманітарних наук афілійована мережа наукових центрів, що досліджують усе — від археології, кіно та культурної спадщини до Криму, Сходу й європейських студій. Тут гуманітаристика виходить за межі аудиторій і стає простором для живих досліджень, дискусій та нових відкриттів.

• Центр «Кримські студії»
• Науково-дослідний центр «Спадщина Києво-Могилянської академії»
• Науково-дослідний центр кінематографічних студій
• Науково-дослідний центр орієнталістики імені Омеляна Пріцака
• Центр «Археологічна експедиція НаУКМА»
• Центр досліджень історії та культури східноєвропейського єврейства
• Центр польських та європейських студій ім. Єжи Ґедройця
• Центр європейських гуманітарних досліджень